外观方面，Keychron Q3 PRO SE带来了新的设计语言。全铝合金外壳这点没有变化，真·铝坨坨，成品非常重的。各个按键区间，做了“描边”，也就是单独加高边框设计，同时多处裸露螺丝，这副新外观给人感觉就非常“钢铁直男”。其按键区间边缘做了加高设计之后，可让整个外壳厚度降低。尤其是下沿，比普通Q系列家族要低一点的。外壳低了，这些加高边框，也能起到减少露轴的作用。
结构上，Keychron Q3 PRO SE其实跟Q系列是同一套方案。主要也就是填充区别和定位材质差异。依然是棉条垫片式Gasket，Type-C分离板。但旋钮没有做分离，所以下压会有明显下沉。力度大，下沉量大的情况，甚至会出现轻微剐蹭声。Keychron Q3 PRO SE的下沉形变也还是挺明显，这次内胆采用的是PC材质定位板，没有开槽处理。也由于大配列，其局部键区下沉量会比较大，比如左右两边，就大于中间。填充方案，采用了夹心棉、底棉和绝缘薄片。按键听感，比普通Q系列好一点。当然，最大功劳应该还是改用了PC定位板。
另一方面，Keychron Q3 PRO SE增加蓝牙无线连接，全铝外壳为了加强信号稳定，天线连到前面塑料盖板。电池也都是Q1 PRO相同的4000mAh。支持记忆三台设备，默认FN+1/2/3切换。其次，Keychron Q3 PRO SE也都是QMK方案，支持VIA改键。同时，RGB灯效做了升级，灯效模式增加至22种。灯位布局仍是下灯，呈黑色定位板，吸光，氛围会有减弱。亮度则得益于下灯（高亮灯珠）+轴体本身透明PC上盖，才不至于完全偏暗。
